Harju-Risti kirikuaia kujunemine matmispaigana on dateeritav koos kiriku rajamisega 15. sajandil. Kalmistu vanim osa on kirikuaed. Sellele on lisandunud hiljem (tõenäoliselt 19. sajandi lõpus - 20. sajandi alguses) matmisala kirikaiast idas ja kagus. 20. sajandi teisel poolel on kalmistut laiendatud itta ja põhja.
Kirikuaia peasissepääs kiriku läänesissekäigu vastas on vormistatud kahe lubjakiviplokkidest väravapostiga, millede vahel kahepoolne puitlattvärav. Kirikuaia lõunaosas asub Vabadussõjas hukkunute mälestusmärk.